参保人群不同：灵活就业人员医保主要针对没有固定工作单位的个体，如无雇工的个体工商户、非全日制从业人员等。而城乡居民医保则主要针对未参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民。

缴费方式不同：灵活就业人员医保需要按月或按年缴费，费用由个人全额承担，不享受政府补贴。城乡居民医保则是按年缴费，由居民本人缴费，同时享受政府财政补贴。

报销比例和范围不同：灵活就业人员医保的报销比例通常较高，而城乡居民医保的报销比例相对较低。

个人账户不同：灵活就业人员医保通常设立个人账户，每月有一定金额返还，可用于定点药店购药或医院消费。城乡居民医保没有个人账户。‌

退休待遇不同：灵活就业人员医保在累计缴费达到一定年限，退休后可以享受终身免费医保待遇。城乡居民医保则需要年年缴费，终身缴费。